El organigrama de trabajo de la IBC es el siguiente:
I) En IBC tenemos cinco áreas de trabajo eclesial denominados “Ministerios”, en tanto ‘ministran’ la palabra de Cristo de diferentes formas. Estos ministerios son:
. Ministerio de Evangelismo
. Ministerio de Discipulado
. Ministerio de Compañerismo
. Ministerio de Servicio y Diaconía
. Ministerio de Adoración
II) También tenemos dos organizaciones que agrupan a las mujeres y los jóvenes para que ellos puedan alcanzar a sus pares con sus propios esquemas: Estas organizaciones son:
. Unión de Jóvenes
. Unión Femenil
III) En lo administrativo y pastoral funcionamos con un equipo pastoral y un directorio administrativo conformado de la siguiente manera:
. Pastor
. Equipo pastoral
. Secretaria
. Tesorería
Cada tres meses la membresía de IBC sesiona para evaluar y organizar todo el quehacer eclesial local.
IBC es miembro de UBACH (Unión de Iglesias Bautistas de Chile) de Derecho Público, la cual a su vez es miembro de UBLA (Unión Bautista Latinoamericana), y ésta a su vez de ABM (Alianza Bautista Mundial) conformando una fraternidad eclesial que agrupa a más de 60 millones de miembros en todo el mundo.